La bandera de la UCV consiste de un paño rectangular color beige con el emblema ubicado en el centro.
Debe ubicarse al lado derecho de la bandera nacional y al izquierdo de las facultades. Las banderas de las facultades consisten de paños rectangulares con el emblema de la facultad en centro como forma no oficial, oficialmente llevan el emblema de la UCV en la esquina superior del lado del asta.
Cada bandera es del color de la Facultad que representa, que es el mismo de la cinta de la medalla de los graduandos:
Agronomía - verde, Arquitectura y Urbanismo - azul celeste, Ciencias - beige, Ciencias Económicas y Sociales - vino tinto, Ciencias Jurídicas y Políticas - rojo sangre, Ciencias Veterinarias - amarillo claro, Farmacia - naranja, Humanidades y Educación - gris, Ingeniería - azul eléctrica, Medicina -amarillo, Odontología - morado.
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